根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。同时，国家税务总局发布的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》中明确提到，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，为跨地区经营汇总纳税企业，其企业所得税征收管理适用该办法。 虽然你公司在同市的另一个县区设立的分公司，并未涉及到跨省、自治区、直辖市和计划单列市的情况，但考虑到所得税由总公司汇总申报的实际情况，以及汇总纳税制度的设计初衷是为了方便税务管理和确保税收的公平性和一致性，因此，在申报时选择“跨地区经营汇总纳税企业总机构”可能更为合适。