原乳加工成酸奶，投入产出法核算时，允许抵扣的农产品增值税进项税额是按照酸奶的适用税率13%来计算的，而不是按照原乳的适用税率9%加扣1%。这是因为投入产出法考虑的是最终产品的税率，而不是原材料的税率。在计算酸奶的增值税进项税额时，需要按照酸奶的适用税率13%来计算，而不是原乳的税率9%。

这就是农产品核定扣除的规定。

核定扣除范围：自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，进项税额均按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》的规定抵扣。