处理发票有误差的情况，可以采取的措施有：1. 对差额进行调整。如果款项少，可以将发票凭证保存，以便以后进行调整。如果款项多，则应按照发票关联的借方科目，记录一笔贷方的总额，另外再记录一笔借方的款项，将多出来的款项冲回给供应商。2. 冲回给供应商。如果确实收取到超出应付金额的款项，最好尽快向供应商发出冲回款项的函或电汇凭证，将多收的款项冲回供应商，以示严谨。 此外，还可以结合收发票流程，以免发生发票认证问题。另外，在核对发票信息时，应加强对关联金额和发票号码的审核，以确保准确性，减少发票认证问题出现的概率。 拓展知识：财务核算中的发票认证，是指企业在记账凭证登记时，将发票的基本内容核对正确，对账务记录的真实性进行认证的一项工作。