我公司是增值税一般纳税人，主要从事有色金属的加工、生产制造、销售（含出口）业务，因财务人员工作失误，2009年某月，将估价销售的产品在次月未进行先冲回再调整，结果出现少计收入的问题，在今年国税稽查部门检查中发现，由此产生增值税款100余万元，目前我公司期末增值税留抵税额近2000万元，请问此项检查查补税款能否抵顶现在的留抵？如果可以将查补税款冲减留抵是否还要加处罚款？另外《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复国税函[2005]169号》我公司是否适用？稽查部门能否可以依据上述文件精神将这项问题在稽查报告中反映出来？谢谢.