亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
这是由于系统在处理更正申报时，未正确识别之前已缴纳税款与更正后应补税额之间的关系导致的。解决这个问题的步骤如下：

1.企业应先确认更正申报表的准确性。如果更正后的申报表显示应补税额为0元，说明企业实际已无欠税，之前的税款1000元可能已超额缴纳。

2.企业应向主管税务机关提交书面说明，解释更正申报的前后情况，并附上相关申报表和缴款凭证，申请退税或抵扣。

3.如果系统提示仍要求补税1000元，企业应联系税务机关的技术支持部门，说明系统错误，并请求人工审核处理。

4.税务机关核实后，会根据实际情况调整税款，退还多缴部分或进行抵扣。

5.企业应保留所有相关文件，包括申报表、缴款凭证和沟通记录，以备后续查询或审计。

通过上述步骤，企业可以解决系统提示与实际缴税情况之间的矛盾。
祝您学习愉快！