亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
1.如果发票上的收款方与实际收款方不一致，这样的发票不符合税法要求，因此该发票的成本不能在土地增值税清算时扣除。
2.同样地，如果发票款项是由其他公司代为支付，并且会计处理上确认了对A公司的负债，则需要确保这笔支出的真实性和合理性。若无法证明交易的真实性或合理性，该成本也不能在土地增值税清算时扣除。
祝您学习愉快！