亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
小规模纳税人增值税申报方式调整后，如果发现比对异常，需要对发票进行妥善处理。首先，应核实发票的真实性、合法性和关联性，确保其符合税法规定。其次，对于已经申报但与实际收入不符的发票，应当及时更正申报，并按照实际收入重新计算应缴纳的增值税。如果有必要，可以向税务机关申请重新审核发票，并提供相关的证明材料。同时，还应注意保留好相关发票和账簿记录，以备税务机关检查。
祝您学习愉快！