特许权使用费是指企业提供专利权、非专利技术、商标权、著作权以及其他特许权的使用权而取得的收入。甲公司提供的科学设备与特定的技术相关，且丙公司为此支付了一定的费用，那么这些费用可能会被视为特许权使用费。

根据《中新协定》议定书，对于使用或有权使用工业、商业、科学设备而支付的特许权使用费，按支付特许权使用费总额的60％确定税基。这意味着在计算应代扣代缴的企业所得税时，税基是租金的60％。

因此，尽管丙公司支付的是租金，但在计算代扣代缴企业所得税时，税基是租金的60％，即80万元×60％=48万元。然后根据特许权使用费的税率计算应代扣代缴的企业所得税。