如果总分公司在季度申报时备案了合并申报企业所得税，在填写财务报表时一般应合并填写。 原因如下：既然选择了合并申报企业所得税，就意味着将总分公司作为一个整体进行税务处理。财务报表也应反映这个整体的财务状况和经营成果，以便与合并申报的企业所得税相匹配。 例如，资产负债表应合并反映总分公司的资产、负债和所有者权益总额；利润表应合并反映总分公司的收入、成本和利润情况。