如果 A 公司与甲公司同意选择特殊性税务处理方式，甲公司收购乙公司股权的计税基础计算如下： 首先明确特殊性税务处理的相关规定： 在企业重组的特殊性税务处理中，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。 计算甲公司收购乙公司股权的计税基础： 乙公司净资产的计税基础为 10000 万元。 甲公司收购乙公司 80% 股权，那么甲公司收购乙公司股权的计税基础为 10000×80% = 8000 万元。