北京市跨区施工企业**不一定需要办理外管证**，预缴税款通常在**机构所在地进行预缴**。 对于是否需要办理外管证的问题，如果建筑施工企业的注册地与项目所在地在同一个直辖市内但不同区，是否需要办理外管证取决于注册地主管国税机关的规定。根据国家税务总局的公告，纳税人可以申请办理《外经证》，并通过电子税务局的相关流程进行报验管理。因此，建议咨询当地的税务机关以获取确切的指导意见。 至于预缴税款的处理，一般有两种情况：收到预收款时在机构所在地进行预缴，并在次月申报期前完成预缴工作。预缴税款的具体计算方式依据是采用一般计税方法还是简易计税方法而有所不同。一般计税预征率为2%，而简易计税预征率为3%。账务处理上，例如在预收房款的情况下，应预缴增值税按照相应的适用税率和预征率计算。 综上所述，对于跨区施工的建筑企业来说，是否需办理外管证以及如何处理预缴税款，都需要根据具体情况和当地税务规定来确定。