可以按照以下方式处理： 1.确认合同和发票的关联性：首先需要确认该合同与开具发票的总公司或分公司是否存在直接关联。如果合同明确规定发票由总公司开具，那么两者之间存在直接的合同关系。 2.了解相关法规：根据合同和相关法规，可以进一步了解具体的责任方和操作流程。 3.与客户沟通：在处理此类问题时，建议首先与客户进行沟通，解释情况并询问其意见。客户可能会提供具体的指示或要求。