这种情况下，支付货款不能在分公司支付。合同若要由分公司支付货款，必须更改成分公司合同，以便完成支付手续。一般情况下，在需要进行合同更改时，双方必须重新签订一份新的分公司合同，新的分公司合同必须与总公司的合同内容保持一致，而且签字双方也必须与总公司合同保持一致，以示合同合法性。此外，当分公司向总公司发票时，须注意发票上面的发票公司为分公司，而不能按总公司发票。本次支付货款与合同签署不能外派，必须在支付机构上登记，纳税方可完成支付手续。拓展知识：合同等法律文件是根据双方的实际情况签订的，才能得到有效合法的保护，以防止双方纠纷。