A厂应代扣代缴消费税2600元。A厂应将20000元加工费分为两部分，17400元收取加工费，2600元收取消费税，以此做出委托加工的会计处理。 此外，卷烟厂和A厂均为一般纳税人，因此A厂收取的20000元加工费应在发票上进行增值税普通发票开具，发票上要列明20000元金额及13%税率，税额2600元。A厂应将消费税2600元缴纳给国家税务机关，以完成税收缴纳义务。