按照通常情况，员工承担的水电费及餐费部分金额应该到应发工资后扣除。建议企业设立规定，规定企业及员工职责，以明确责任关系，妥善处理费用扣减问题，为双方提供必要的法律保护。比如，企业可以安排发出的工资及餐补，放在单独一部分，员工可以选择自行承担用电及餐费，企业则可以从单独一部分中扣减，以保证企业依法发放工资，维护员工及企业的权益。