一般来讲，在处理员工行政处罚时，应当在应发工资前扣除相关金额。由于应发工资前扣除，处罚金额不会参与纳税计算，最后发放的实发工资也不会受到影响。在处理处罚金额的时候，一定要有明确的处罚文件，并让员工签字确认，确保处理处罚的合法性。另外，处罚后，应及时弥补员工利益，发放申诉金等。 拓展知识： 在实施行政处罚时，应该注意一些法律问题。比如，根据《劳动法》规定，企业对员工实施的行政处罚应先作出书面的处罚决定，并向经办人、被处罚人和上级单位有关部门报告。还有，根据《外国人工作管理办法》等法律法规，企业对外国人实施的处罚有特殊的规定，例如，除报告部门外，还需要向公安机关报告。