对供货商少开发票的金额进行会计处理，首先应根据实际发生的交易，在应付账款中增加相应金额；然后按正常流程分摊费用，归入原材料、制成品等成本账户中；最后，根据供货商开具的发票金额及实际支付金额，做出应付账款减少和库存减少等会计处理，以保证会计记账准确可靠。另外，如果发现供货商开发票金额偏差较大，就应查明原因，根据情况采取相应的措施，避免发生财务风险。