针对房地产开发企业进项不足的情况，应当全面梳理企业的应税收入情况，审查企业税务信息以及开发工程的财务预算报表，进行纳税收政策的合规审查和税务筹划。具体的处理方案有：一、加大税务机构的稽查力度，特别是对未申报或者少申报应税收入进行专项稽查；二、对进项税收不足的企业，应当采取积极税务筹划措施，调整投资结构和税务筹划方案，重点分析投资金额，抓紧申报各项税收，以保障企业的财务稳定和获得税务优惠。拓展知识：此外，房地产开发企业还可以通过实施企业扩大规模扩大投资，实现减税或税收优惠，以减少企业进项不足带来的影响。