银行同业代付会计处理办法主要包括：一、记录记账：应将银行同业代付所有的收付金额进行记录记账，明确收付双方的资金总额；二、银行同业代付对账：应对双方的所有收付记录进行对账，确认其准确性及正确性；三、支付结算：根据双方的账户余额，合理安排收付顺序，完成支付结算；四、分别记账：应将双方收付金额分别划转记账，便于核查核对；五、确认凭证：收发付款方应仔细核对并确认凭证，以作为核算凭据。