1.计算制药公司应代扣代缴的增值税：根据相关税法规定，企业可以即征即退，即依据涉税事项实际发生的相关费用，在发票抵扣增值税的同时，公司亦可以通过结转差额方式代扣代缴增值税，其中，技术咨询指导费120万元，发放职工工资1200万元，职工福利费支出180万元，职工教育经费支出20万元应缴纳增值税，且工会经费和残疾人工资免征增值税，即制药公司此次应当代扣代缴1300万元增值税。 2.计算制药公司应代扣代缴的企业所得税：根据相关税收法规，该公司为增值税一般纳税人，计税应以账面利润总额13450万元为依据，按照相关规定，税率25%，期税额3,863万元，扣除相关抵减项，其中，发放职工工资1200万元扣除，福利费支出180万元扣除，教育经费支出20万元扣除，最终应缴纳企业所得税3,463万元。