在作废增值税专用电子发票的操作中，首先需要查询到开票信息，如果在已开发票里面查不到，可以进行以下操作：1、进入税务机关网站，在网站上开启发票查验功能，输入发票号码，可以查询到发票的状态；2、使用税务部门提供的开具发票程序，输入开票信息进行查询；3、如果以上两种方式均无法查询到相关信息，可以前往税务机关进行现场查验，以更准确的获取到开票信息。在获取到开票信息之后，就可以采取作废发票的步骤：1、登录税务机关提供的专用电子发票平台，进入作废发票功能；2、根据开票信息输入发票号码，进行作废；3、等待作废审核，审核通过即可完成作废操作。