是的，烟草专业合作社发放烤烟科技员的工资应当缴纳个人所得税。根据《个人所得税法》，应当缴纳个人所得税的个人均按年度计算应税所得额并缴纳个人所得税。因此，烟草专业合作社发放烤烟科技员的工资应当缴纳个人所得税。至于具体的税收标准、税率等，则需要根据其薪金情况进行具体分析。 拓展知识:去年，中国发布的《财税》的新政实施，对于收入低于36000元的个人，可以实施较低的税率，以减轻纳税负担，使其纳税更加合理公平。