个人所得税自然人建档发生异常，是指税务机关根据税法的规定无法建立或更新个人纳税人的税务登记信息。发生异常的原因可能有多方面，具体包括：（1）个人主体身份信息和税务登记信息不符。（2）个人征管数据出现缺失或错误。（3）税务机关信息系统出现故障，导致无法建立或更新税务登记信息。（4）税收法规的更新导致建档程序发生变化。如果发现个人所得税自然人出现建档异常，可通过税务部门官网查询相关信息，并联系当地税务机关，尽快解决问题。同时，个人还应提高自身防护意识，防止被非法骗税。 拓展知识：个人所得税是由税收法规规定的，它是指国家对个人工资、报酬和利润等收入征收的一种税。一般来说，个人所得税应由个人自行缴纳，分为四类：年度预缴所得税、按月预缴所得税、收入转移适用所得税和正常所得税等。个人应该根据当期收入情况，按规定时间和金额缴纳个人所得税，确保税收有序申报。