增量预算编制方法的缺陷是：工作量很大，由于预算必须按照政府每年安排的财政收入进行组织和实施，且要求精确无误，因此每年都需要核算财政收支，并进行单位收支的全面分析，这需要大量的人力物力。此外，还需对政府上年度的收入与支出进行比较，以便精确地了解未来一段时期政府的经济趋势及实现分税分流的指标，这也增加了制定增量预算的工作量。 增量预算编制方法有利于促使各基层单位精打细算，它可以把上一年度的预算和经济发展状况作为基础，根据这些情况对下一年度进行评估和计划，促使各级单位加强经营管理，把握财政收支，从而逐步节约开支，提高财政收支的紧密程度，避免过度的支出，同时还可以强调财政支出的有效性，使基层单位以节俭的态度实施经济计划，使经费减少之外，还有政策的效果。