没有库存，申请留底退税时，首先要查询企业是否有资格申请留底退税，如果有资格，则根据国家税务部门的规定，应当在实际发生的留底退税金额，减去累计转出的部分，申请留底退税。具体而言，一般应当填写申请留底退税的表格，并附上企业价税合计金额、增值税实际缴纳金额以及税务机关出具的累计留底税款转出凭证等相关资料，向税务机关提交申请，由税务机关审核通过后，办理留底退税手续。 此外，企业在申请留底退税时，应注意提交的资料合法且完整，及时准确的向税务机关缴纳税款，遵守税政政策，并严格按照政府规定执行政策，从而有效地控制申请留底退税的风险。