非房地产企业转让土地使用权计算土地增值税时扣除项目，主要包括以下三项： 一、投资者支付的所得税扣除项：投资者转让土地使用权收取合理报酬时，须缴纳所得税，可在计算土地增值税时，按国家规定的期限将所缴纳的所得税抵减税额。 二、转让方的增值税扣除项：转让方支付的增值税也可在计算土地增值税时扣减，以减少计税额。 三、其他与转让有关的相关费用扣除项：如印花税、诉讼费、保险费。 拓展知识：土地增值税税率有国家规定，为土地使用权出让收入征收增值税。一般来说，税率由国家规定，若土地使用年限不足10年，税率为20%；若土地使用年限超过10年，税率为30%。