是的，高速公路通行费专用发票可以抵扣税。根据《中华人民共和国发票管理条例》规定，高速公路通行费专用发票可以作为抵扣税费的凭证。抵扣的方式是：把这些专用发票的费用汇总起来，列入税款申报表，把它们作为应纳税款减免的项目之一，由税务机关核算后，减免纳税人应纳税款。 拓展知识：根据《中华人民共和国发票管理条例》，发票分为增值税专用发票，普通发票，收据以及其他发票，其中增值税专用发票是由税务机关颁发的，可以作为纳税凭证，可以抵扣税款；普通发票不作为税务凭证，不能抵扣税款；收据不作为税务凭证，不能抵扣税款。