高速公路通行费专用发票可以抵扣费用。抵扣原则是：收费站出具的高速公路通行费专用发票在规定期限内，可以单独在其他收费站抵扣相应的通行费。抵扣的有效时间一般为六个月，不能随意延长。 除了在收费站抵扣外，购买高速公路通行费的车辆持有的高速公路通行费专用发票，也可以在路政管理、公路行政执法单位按照规定形式报销，抵扣对应的路政管理费用。 拓展知识：高速公路通行费收费分为自行收费和政府收费，自行收费是指收费站出具专用发票收取开放公路上的设施使用费。而政府收费是指由政府部门出具的费用，主要涉及路政管理费、公路行政执法费等。