由于向A公司购入乙材料，收入库款项尚未支付并收到增值税专用发票，我们可以了解到，购买的乙材料共2000千克，其单价为40元，价款总计为80000元，税额为10400元，而对方代垫的运费为4000元，税额为360元。我们可以根据增值税总额的计算，减去运费及相应的税额，算出乙材料的应交税额，并且可以用开票软件将此发票进行记录和备案，以便核对和查询。 拓展知识：保留增值税专用发票是一项重头戏，根据相关法律规定，增值税专用发票的保存期限需要达到5年，对计税的增值税专用发票，需要长期保存，以备后续的查询与核对。