在劳动合同到期后企业仍有代扣社保公积金的情况下，按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动关系仍然存在，在劳动合同到期后继续履行义务的，应当继续依照劳动合同的约定履行义务，双方应当由调解协商解决，进行补充协议签订。 拓展知识：如果劳动合同到期后双方不能达成一致协议，则可能需要仲裁机构裁决或者进行诉讼。诉讼时，双方可以以劳动合同为诉讼请求，以确认是否存在劳动关系，确定双方权利和义务，要求继续履行劳动合同等内容，由法院来判决是否存在劳动关系，以及如何处理。