是的，苗圃可以开具苗木运输发票。对于一般纳税人来说，苗木运输发票的税率为3%。在实际开具苗木运输发票时，应按照以下步骤操作：首先，购买方应向苗圃出具应付款凭证，同时具备相应的苗木运输发票；其次，苗圃方需出具增值税普通发票，且该发票税率为3%；最后，双方应签订苗木运输合同，并在发票的备注栏中注明代开苗木运输发票。 苗木运输发票的开具，有助于增强双方之间的信任，从而增进双方的合作关系。同时，发票也是税收和税务监管的重要依据，因此，要求开具苗木运输发票的双方都要坚持诚信、认真合规。