当专项应付款已经付清时，需要进行以下会计处理：
1. 根据支付凭证，将专项应付款的金额从银行存款账户中划出。
2. 在专项应付款科目的借方记上已付金额。
3. 在应付账款科目的贷方记上已付金额。
4. 如果专项应付款有税额，需要在应交税费科目的贷方记上税额。
5. 如果专项应付款有利息，需要在利息支出科目的贷方记上利息。
6. 最后，根据会计凭证的要求，填写相应的会计凭证并进行审核、记账和归档。

需要注意的是，以上处理仅适用于已经付清专项应付款的情况。如果专项应付款只是部分付款或者未付款，则需要根据实际情况进行相应的会计处理。