根据《财政部 国家税务总局关于公路经营企业车辆通行费收入营业税政策的通知》（财税〔2005〕77号）的规定，自2005年6月1日起，对公路经营企业收取的高速公路车辆通行费收入统一减按3%的税率征收营业税。
因此，高速公路通行费应按3%税率计征营业税。
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