穿行测试是注册会计师为了验证以前程序获取的有关内部控制信息而实行的程序，比如进一步了解销售和收款循环的内部控制情况，注册会计师会抽取几笔销售业务，检查这几笔业务在整个会计系统留下的有关原始凭证，从而能够掌握相关内部控制的设计以及执行情况，但这其中在通常情况下并不涉及对内部控制有效性的确定。
重新执行是对内部控制程序重新过一遍，测试其是否得到有效执行，也就是说，不是检查已有的凭证或记录，而是会产生新的证据。比如注册会计师按照被审计单位相关内部控制制度的规定，重新编制银行存款余额调节表，来验证相应内部控制是否有效运行。
两者的区别如下：
（1）穿行测试主要是用在了解内部控制时使用，而重新执行主要是在控制测试程序中使用；
（2）重新执行是一项具体的审计程序，而穿行测试是多种审计程序的综合运用。
从以上描述来看，重新执行主要是确定内部控制运行的有效性，而穿行测试主要是了解内部控制的流转过程，并在这个流转过程的了解中来掌握相关内部控制的具体情况。因此在了解内部控制的过程中，穿行测试是适用的，而重新执行并不适用，穿行测试也可以在控制测试中运用，但主要是在了解内部控制的过程中运用。
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