支付境外公司专利授权使用费100万元，是否扣缴企业所得税

答：依据《中华人民共和国企业所得税法》第二条、第三条、第四条以及《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》（2017年第37号）的规定，该专利授予境内公司使用，属于非居民在中国境内没有机构场所而取得来源于中国的所得，应在中国缴纳企业所得税。

对此类所得减按10%税率征收企业所得税，如果这笔所得不含增值税，则应缴纳的企业所得税为100*10%=10万元，应由贵公司代扣代缴。如果某国与我国有税收协定，则可以申请享受我国和某国税收协定更低的税率。