企业销毁过期药品损失扣除须先报批
某制药企业按照行业标准要求，年度内曾按合同约定回收一批超过保质期的已售药品，与一些过期的库存药品一起进行了销毁。税务机关在检查时了解到此情况，认为在增值税方面企业未对销毁存货按非正常损失作进项税转出，而所得税方面也未按规定对所发生的损失进行审批即自行扣除，因此，要求企业补缴税款并予处罚。
增值税
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》的规定，正常损失是指生产经营过程中正常损耗，比如生产过程中的合理损耗等；所谓的非正常损失，是指生产经营过程中正常损耗外的损失，包括自然灾害损失、因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失、其他非正常损失等。对照该规定分析可知，虽然该制药企业销毁过期存货是出于质量管理的要求，但此类销毁可能不完全等同于条例细则中所说生产经营中的合理损耗（一般是指工艺损耗或保管中的自然挥发等合理的自然损耗），尤其出现较大批量的过期存货，不可否认是存在经营管理方面问题的，因而应该认定为非正常损失。
另外，根据国家税务总局《关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》（国税函〔2002〕1103号）规定，如果流动资产未丢失或损坏，只是由于市场发生变化，价格降低，价值量减少，则不属于《增值税暂行条例实施细则》中规定的非正常损失，不作进项税额转出处理。实际上，在增值税方面区分正常损失与非正常损失的目的是要确定相关货物所包含的进项税能否抵扣。
对于一般企业的存货，虽然变质但仍能按原用途以较低价格变现（低于正常销售价格但高于残值变现），这种情况下，该批货物仍然未实际退出流通环节，从理论上说其价值损失（正常销售价格与变价之间的差额）应视为正常经营损失，而像药品、食品等一旦过期、变质后则无可利用价值的产品，实际上已经退出流通环节，而从原理上说其所包含的进项税却没有对应扣除的销项税额。虽然所销毁存货可能有已售和未售等不同情况，但略加分析就可以发现，只要对已售存货按规范程序办理退货手续，则所销毁存货价值中就不包含增值税销项税额，也不存在应视同销售的情况。而且这种情况对于制药、食品、饮料等企业来说具有经常性，数量金额也可能比较大，如果不剔除其所包含的进项税，就侵蚀了应缴增值税额。因此，从原理上看，这种情况在增值税方面应该归于非正常损失，应作进项税转出处理。当然，也有观点认为如果是少量、小额的退货销毁损失，增值税方面也可视为正常损失，不必作进项税转出，如规定一定比例的合理损耗率等，也就是说，销毁数量或金额没有超过规定比率的，不用作进项税额转出，超过部分要作进行税额转出，建议相关企业就此类情况及时咨询当地税务机关，以取得一致认识，降低税务风险。
所得税
企业所得税《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例未对此问题作出明确规定，而按此前《企业财产损失所得税前扣除管理办法》（国家税务总局令第13号）精神，企业财产损失按损失原因，分为正常损失、非正常损失以及发生改组等评估损失和永久实质性损害四种类型。其中，正常损失包括正常转让、报废、清理等；非正常损失包括因战争、自然灾害等不可抗力造成损失，因人为管理责任毁损、被盗造成损失，政策因素造成损失等。而存货出现以下一项或若干项情形时，应当确认为发生永久或实质性损害：已霉烂变质、已过期且无转让价值、经营中已不再需要，并且已无使用价值和转让价值、其他足以证明已无使用价值和转让价值。对比可见，上述情况应归属于“永久或实质性损害而确认的财产损失”更为准确。按规定，对永久性实质损害，须经税务机关审批才能在申报企业所得税时扣除。企业发生自然灾害、永久或实质性损害需要现场取证的，应在证据保留期间及时申报审批，也可在年度终了后集中申报审批，但必须出具中介机构、国家及授权专业技术鉴定部门等的鉴定材料。
由以上分析可以看出，企业直接进行销毁处理，违反了增值税和企业所得税相关规定，税务机关的处理是正确的。
为便于财产损失的税务处理，建议企业在日常经营中要注意对损失审批所需资料的收集和准备，特别是制药、食品、饮料等易于发生退货及产品过期等财产损失的企业，更好收集注意相关环节的处理。一般说来，企业发生永久及实质性损害申请税前扣除所需提供资料应特别注意把握以下几点：规范会计核算，并注意在日常工作中收集与该项业务有关的资料，如原销货与退货的有关合同、协议、出入库单、货物生产批号等原始资料；注意取得完整的销毁存货盘点表，销毁记录，该资料应能切实反映出销毁货物的品种、数量、价值。数量多、价值大的情况下，最好能同时提供照片或影像资料；如果销毁数额、价值较小且具有经常性，应有企业内部技术鉴定部门的鉴定文件或资料，如数额较大、影响较大，也非经常性，应有行业内专家参加鉴定和论证的资料；企业内部关于存货报废、毁损情况的审批文件及有关情况说明，如按内部管理权限有董事会决议、经理办公会记录之类的文件，或者就报废、销毁退货进行专项申请审批形成的文件；要及时取得中介机构的经济鉴证证明。如有必要，可以在发生较大规模的存货销毁时，预先聘请中介机构参与现场监督、取证，以便后期出具相关鉴证证明资料。
