会影响出口退税额。因为退税通常以出口货物离岸价格为基础计算，货款被扣实际收款减少，计算退税的价格基础降低，退税额会相应减少。 增值税专用发票金额与收款不符，可能导致税务合规问题。若按原发票金额申报退税而实际收款减少，可能不符合退税条件，需要妥善处理，如开具红字发票。 不同贸易方式（FOB、CIF 等）和合同约定条款也会对退税产生影响。贸易方式决定了卖方责任范围，合同约定的质量问题处理方式和扣款办法会影响收入和退税。