一般来说，租赁的厂房土地使用税应由出租方缴纳。 根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第二条规定：在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。 同时，《国家税务局关于检发 <关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定> 的通知》（国税地字〔1988〕15 号）第四条规定：土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳；拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的，由代管人或实际使用人纳税；土地使用权未确定或权属纠纷未解决的，由实际使用人纳税；土地使用权共有的，由共有各方分别纳税。 在租赁厂房的情况下，土地使用权属于出租方，所以出租方是土地使用税的纳税人。然而，如果出租方未缴纳土地使用税，税务机关有权要求实际使用人（即承租方）缴纳。 你公司会计说电子税务系统不能申报，可能是因为该系统设置上的一些限制或者其对相关规定的理解。但税务人员表示通过电子税务系统能操作，可能是基于税务规定中对于实际使用人纳税的规定。