这种情况下能否适用特殊性税务重组，需要根据具体情况进行分析。 特殊性税务重组是指在符合一定条件的情况下，企业重组可以享受一些税收优惠政策。然而，适用特殊性税务重组需要满足一系列的条件和规定。 根据你提供的信息，市本级二级国有企业按照国资委要求进行业务和房产的无偿划拨，以及后续的股权转让，虽然市本级二级国有企业和区本级国有企业的股东均为同一个国有企业，但这并不一定能直接确定是否适用特殊性税务重组。 在企业国有产权无偿划转方面，通常需要遵循相关的管理办法。例如，《企业国有产权无偿划转管理暂行办法》对国有产权在政府机构、事业单位、国有独资企业、国有独资公司等之间的无偿转移做出了规定。 要确定是否适用特殊性税务重组，可能需要进一步考虑以下因素： 1.重组行为是否符合国家有关法律法规和产业政策的规定； 2.是否有利于优化产业结构和提高企业核心竞争力； 3.划转双方的产权关系、决策程序等是否符合规定； 4.相关的财务审计、清产核资等工作是否按要求进行； 5.是否存在不得实施无偿划转的情形，如被划转企业主业不符合划入方主业及发展规划、中介机构审计报告存在问题、职工分流安置事项未经通过、被划转企业或有负债未有妥善解决方案、划出方债务未有妥善处置方案等。