1.与对方公司沟通协商：首先，建议再次与对方公司进行深入沟通，解释库存商品数量错误的原因及影响，并说明重开发票的必要性。同时，可以提出其他补偿措施，如提供一定的折扣或优惠，以换取对方的理解和支持。 2.申请红字发票冲销：如果无法取得对方公司的理解和支持，可以考虑向税务部门申请开具红字发票进行冲销。在申请过程中，需要提供相关的证明材料，如购销合同、入库单、出库单等，以证明库存商品数量错误的实际情况。 3.调整库存数量：如果库存商品数量变为负数是由于系统错误或人为错误导致的，可以考虑调整库存数量，使其与实际库存相符。但需要注意，这种调整应当有充分的依据和记录，以防止后续的混乱和误解。