根据您提供的情况，甲公司可以将其收到的36万元专项科研费用确认为无形资产。这是因为该笔款项是为了进行技术研究和开发而收到的，最终形成了两项专利权和三篇学术论文，符合无形资产的定义和确认标准。 入账成本应该按照实际支出的金额来确定。根据您提供的信息，甲公司与乙公司签订了33万元的技术服务合同，该合同内容为最终形成两项专利权和三篇学术论文。因此，甲公司应该将实际支出的技术服务费用确认为无形资产的入账成本。 以下是甲公司从入账到业务结束的完整会计分录： 1.收到专项科研费用时：借：银行存款 36万元贷：专项应付款 36万元 2.签订技术服务合同后，根据合同金额确认成本：借：专项应付款 33万元贷：银行存款 33万元 3.将技术研究成果确认为无形资产：借：无形资产—专利权—XX专利权 18万元无形资产—专利权—XX专利权 18万元贷：专项应付款 36万元 4.发表学术论文时，将其确认为费用：借：管理费用—研究开发费—XX项目 10万元管理费用—研究开发费—XX项目 10万元管理费用—研究开发费—XX项目 10万元贷：银行存款 30万元 因此，甲公司最终确认的无形资产入账成本为36万元，其中两项专利权的入账成本均为18万元。