这种情况下，建议在每张付款凭证的附件中，包含所有三个上游的合同，并标明付款金额及所属合同。同时，可以通过拆分付款来实现更精确的对应，即在付款凭证的附件中，标明若干个付款项，及其对应的合同及付款金额，以及每个付款对应的付款凭证号，以确保款项能够准确无误地归属到正确的合同下。另外，建议将每一笔付款与最近一次结算单或财务结账单捆绑在一起，以便更清晰的追踪记录。