小规模纳税人开专票1%申报增值税3%交了3%的增值税，在会计核算中，需要做以下处理： 1. 申报增值税账务处理：将1%的专票开具时，所应缴纳的增值税3%，贷方记入应交税费科目，借方记入银行存款科目。 2. 实际交纳增值税账务处理：将实际交纳的增值税3%，贷方记入银行存款科目，借方记入应交税费科目。 3. 差额处理：差额由应交税费科目贷方出，税金科目借方入，税金科目负值表示已交税金，且不再参与纳税申报。 拓展知识：根据《企业会计准则》的要求，税费必须严格按照实际发生的情况进行核算，应当完整记录税务有关票据，并准确计量、及时记账，以便正确反映企业的税费支出和应交税费情况。