预缴税没有扣除分包款有以下影响： 1、企业每月的应纳税额会出现波动，导致税负的不稳定性； 2、漏缴的税负及罚款会出现，增加企业的负担； 3、税务机关不会向企业颁发税收减免证明，这样会影响企业的合同签订及结算； 4、影响企业社会信用建设，降低企业在市场上的声誉。 拓展知识：税法对于企业缴纳税收有许多规定。企业在缴税时应充分遵守税法，按规定缴纳税款。同时，企业应充分利用税收优惠政策，合理减少纳税义务，尽可能提高经济效益。