如果公司取得的专票大于实际支付的金额，应立即采取处理措施，以防止税务违规行为的发生。首先，根据取票记录，将多取的专票收回，其次，将多取的专票抵扣未来当月的纳税额，以及需要代垫付税款的应税收入，最后，应向税务机关备案，汇报是否采取了上述补救措施。 以上是处理公司取得的专票大于实际支付的金额的方法。此外，为了防止这种情况发生，还应积极采取一些预防措施，如针对每笔交易仔细核对有关发票、票据，提高财务支付的审批力度，定期审计业务流程等。