首先，在处理物流公司款项问题时，我们要严格按照国家规定的正规程序进行，不管对方的历史状况如何。物流公司款项的处理一般分为三步： 1.若物流公司开具的发票有明确申请扣款的要求，则有权申请从该发票中进行扣款。 2.如果没有申请扣款的要求，那么你需要和该物流公司进行沟通，协商物流公司是否同意减免扣款，并且签订相关的扣款减免协议。 3.协商无果，或者物流公司反对减免款项时，你就只能付清全部发票款项，再把上期扣款的4000元扣除收回来。 拓展知识： 另外，根据国家税法，因企业经营活动而开具的正常发票，且在正常收支情况下，确实有扣款的必要时，可以按照国家税法规定形式，申请扣款，然后该物流公司可以开具减免税发票。