小规模纳税人，对于购买有关商品或者接受有关服务所开具的增值税专用发票，应在缴款书上按3%计算增值税扣除金额。因此，一个点发票，小规模纳税人应当缴纳的增值税扣除金额是3%。 但是需要注意，一般情况下，小规模纳税人的计税义务，是企业所得税纳税义务，也就是除增值税外，还包括企业所得税和个人所得税。 在缴纳增值税的时候，小规模纳税人也可以适用一些优惠政策，比如说在某些行业，可以享受低税率，比如增值税税率从3%降到1.5%，或者还有一些免税政策，比如小型微利企业可以免征增值税。 因此，小规模纳税人根据实际情况来确定增值税扣除金额，一般来说，是3%，但也有可能优惠或者免征的情况。