对于自然人申报的工资和实发的工资不一致的情况，应该及时处理。一般的解决方法是，当事人要承担应缴纳税款的义务，首先进行双方协商确认，协助当事人填写报税申报表，税务机关将会根据实际情况处理欠税程序，当事人根据处理结果完成应缴税款及相关费用，最后向税务机关提供核实后的账务资料，申请完成税务补缴手续。拓展知识:当自然人申报的工资和实发的工资不一致，应及时双方协商确认，确保纳税义务得到履行，以减少纳税义务的不合理支出。