在此情况下，您需要在发票上记录正确的税率3%，并在税额上记录增值税，即该部分的税额应当重新计算并发票上表明。另外，您应当在发票项目上增加一行“补充交税金额”，并表明补缴税额，税率为3%或者1%，根据专管员的要求。 至于将其表示为负数，建议您按照正常发票流程表示，无论是信息表或者是发票。最后，在报表上，您可以根据补缴税额，显示本月的净应付金额减去上月的净应付金额，以申请补缴的补税额抵扣，从而增加净应付金额的分析性。 此外，发票税率的计算一定要精确，为了避免类似的问题，在收发票的过程中一定要加以严格的核对，有任何疑问，及时与提供商沟通。