计算土地增值税时，可以扣除的费用主要有两种：一是房地产开发支出，二是福利费支出。根据公司提供的信息，人员工资100万元，福利费支出20万元，企业所得税调增6万元，可扣除的费用为26万元（即20万元福利费加上6万元企业所得税）。 除此以外，在计算土地增值税的时候，还可以利用一些政府鼓励的政策，比如建设用地配套费减免，政府给货币补助，免征增值税等，这些政策能够帮助企业减轻土地增值税负担，拓展公司经营机遇。